Mais uma vez Bowser sequestrou a Princesa Peach, mas desta vez Mario tem outro objetivo. O Mushroom Kingdom está repleto de moedas de ouro, mais moedas do que antes. Em Super Mario Bros 2, cada nível está cheio de ouro, moedas jorram pelos canos, inimigos dourados deixam uma trilha de moedas para trás e canos de ouro transportam Mario para cavernas cheias de tesouros. Cabe aos jogadores coletar todas as moedas possíveis durante a aventura.
O jogo possui novos power-ups, como a flor de ouro que transforma Mario em ouro maciço e lhe permite atirar bolas de fogo de ouro que transformam quase tudo em seu caminho em moedas. Além disso, Raccoon Mario retorna com a habilidade de voar. Dois jogadores que possuam o jogo podem se juntar para a aventura em modo cooperativo usando a rede sem fio local, pela primeira vez em um jogo de aventura do Mario para portáteis.